Арнштадт и Мельхаузен (1703--1708)

В январе 1703 года, после окончания учёбы, Бах получил должность придворного музыканта у веймарского герцога Иоганна Эрнста. Неизвестно точно, что входило в его обязанности, но, скорее всего, эта должность не была связана с исполнительской деятельностью. За семь месяцев службы в Веймаре распространилась слава о нём как об исполнителе. Бах был приглашён на должность смотрителя органа в церковь св. Бонифация в Арнштадте, находящемся в 180 км от Веймара. С этим старейшим немецким городом у семьи Бахов были давние связи. В августе Бах занял пост органиста церкви. Работать ему приходилось всего 3 дня в неделю, а жалование было относительно высоким. Кроме того, инструмент поддерживался в хорошем состоянии и был настроен по новой системе, расширявшей возможности композитора и исполнителя. В этот период Бах создал много органных произведений, в том числе знаменитую Токкату ре минор.

Семейные связи и увлечённый музыкой работодатель не смогли предотвратить напряжение между Иоганном Себастьяном и властями, возникшее через несколько лет. Бах был недоволен уровнем подготовки певцов в хоре. Кроме того, в 1705--1706 годах Бах самовольно отлучился в Любек на несколько месяцев, где он познакомился с игрой Букстехуде, что вызвало недовольство властей. К тому же, начальство предъявило Баху обвинения в «странном хоральном сопровождении», смущавшем общину, и в неумении управлять хором; последнее обвинение, видимо, имело под собой основания. Первый биограф Баха Форкель пишет, что Иоганн Себастьян прошёл более 40 км пешком, чтобы послушать выдающегося композитора, но сегодня некоторые исследователи подвергают этот факт сомнению.

В 1706 году Бах решает сменить место работы. Ему предложили более выгодную и высокую должность органиста в церкви св. Власия в Мюльхаузене, крупном городе на севере страны. В следующем году Бах принял это предложение, заняв место органиста Иоганна Георга Але. Его жалование по сравнению с предыдущим было повышено, а уровень певчих был лучше. Четыре месяца спустя, 17 октября 1707 года Иоганн Себастьян женился на своей кузине Марии Барбаре из Арнштадта. Впоследствии у них родилось семеро детей, трое из которых умерли в детстве. Двое из выживших -- Вильгельм Фридеман и Карл Филипп Эммануил -- стали впоследствии известными композиторами.

Городские и церковные власти Мюльхаузена были довольны новым служащим. Они без раздумий одобрили его план реставрации церковного органа, требующий больших затрат, а за публикацию праздничной кантаты «Господь -- мой царь», BWV 71 (это была единственная напечатанная при жизни Баха кантата), написанной к инаугурации нового консула, ему дали большое вознаграждение.